1971年9月12日晚，周恩来正在人民大会堂组织召开会议，此时中央警卫团的一位领导给他打来电话：“据林彪之女（）报告，林彪、叶群、林立果要坐山海关的飞机叛逃，时间是明天早上6点，目的地是广州。黄永胜、吴法宪、李作鹏、邱会作同他们是一伙，预定明天早上从北京同时起飞。”

周恩来听后大惊，他马上作了很多针对性的部署，并将这一情况报告给了毛泽东。

林彪身亡后，毛泽东、周恩来都说林豆豆有功，后来中央的57号文件也说：

这次林彪叛国投敌，正是阶级敌人绝望挣扎的表现。林彪反党到底，跟着他投敌的，只有他的妻子、儿子和死党几个人，而在紧要关头揭发林彪、叶群、私调飞机、阴谋叛国投敌，为党立功的，又正是林、叶的女儿林立衡。

1971年10月，周恩来让谢静宜去看望林豆豆和她的对象张清林，并向他们传达中央文件和林彪身亡的事情。谢静宜首先把周恩来的安排报告给了毛泽东，毛泽东说：“总理给我说过了，我同意。你见了林豆豆，代我向她问好。她和她父母是有区别的，父母是父母，子女是子女，父母的问题不应该由子女来承担。父母革命，不见得子女就革命；父母是反革命，不见得子女就是反革命。何况林豆豆是在她父母逃走之前就向中央报告了，她是有功的。”

谢静宜又把毛泽东的话转告给了周恩来，周恩来很赞成毛泽东对林豆豆的看法，他说：“要不是林立衡向中央报告了，我们都不知道啊！尽管豆豆报告得迟了一些，但是她爸爸妈妈察觉以后仓促出逃，他们的机组人员没有准备好，有的还没有上去，没到齐，就起飞了，连个舷梯都来不及搬，用了一个小梯子爬上了飞机。如果林立衡不报告，我们都不知道，不打电话问他们，他们可以从从容容地逃走，那事情就大了。”

林豆豆在对林彪出逃的认识和态度上，前后有一个短暂的变化过程。谢静宜后来回忆说：“我同武健华一起向林豆豆、张清林传达了中央关于林彪出逃的文件。当听到飞机坠毁时，豆豆露出惊讶的表情，待文件全部念完后，她很平静。林豆豆的态度是明确的，她笑了笑说：‘他们自绝于人民，罪有应得。’”

但是林豆豆很快便坚持说林彪是好的，只有叶群和林立果不好，林彪出走，是被叶群和林立果“绑票”走的，此后她的处境开始恶化，甚至被视为林彪、叶群留下的“钉子”。

1972年8月26日，周恩来找林豆豆谈话，陪同的还有汪东兴、纪登奎、李德生等人。林豆豆在谈话时还是坚持林彪是被“骗”出去的，周恩来批评她说：“你林立衡的思想作风，完全是你林家的那一套！”

此时纪登奎也指责林豆豆：“林立衡，你不要自认为是很清白的！”

周恩来又接着说：“你也是有错误的嘛！空军给林立果搞了个可以指挥一切、调动一切的‘两个一切’，不也给你搞了个‘五条’吗？说什么事事要向你请示，处处要向你学习！”

林豆豆说：“他们搞那个‘五条’的时候我不知道。我一知道，连夜搞了个针对‘五条’的新‘五条’，都是反那个‘五条’的。”

周恩来听后说：“那也是一个共产党员应该做的嘛！”

谈话的最后，李德生宣布：毛主席同意让林豆豆回空军“参加运动，接受再教育”。

林豆豆回空军后，张清林被安排到总后勤部做医务工作，从此以后，她和张清林分开了。

1974年初的“批林批孔”开始后，林豆豆的处境急剧恶化，她对前途感到悲观失望，便吞服了大量安眠药，试图结束自己的生命，幸亏抢救及时，她才脱离了危险。

为了防止林豆豆再度自杀，她被关进一个只有8平方米的房间，由专人日夜监守。房间里昼夜开着灯，不准挂蚊帐，林豆豆身上被蚊虫叮咬得红肿一片。房间里空气污浊，又见不到阳光，看守人员便在墙上挖了一个小洞，每天让林豆豆伸出手臂晒半小时的太阳。在这样恶劣的环境下，林豆豆掉了6颗牙，头发掉了一半，体重只剩下70多斤，在生死存亡的关头，她只好给毛泽东写信求救。

1974年7月31日，毛泽东收到林豆豆的信后，作出批示：

解除对林豆豆的监护，允许她和张清林来往，她和死党分子有区别。

空军根据毛泽东的指示，做出了几条决定：同意张清林调到空军，批准林豆豆和他结婚，并送他们去开封空降兵第43师农场劳动锻炼。

1975年10月，林豆豆转业到郑州汽车制造厂任革委会副主任，分管计划生育工作。1988年，经中央批准，林豆豆回到北京，在中国社科院历史研究所当了一名研究人员。